Jeffrey Epstein'in dosyalarında, ünlü fizikçi Stephen Hawking'in bikinili iki kadınla çekilmiş bir fotoğrafının bulunmasının ardından, Hawking'in ailesi bilim insanına yönelik uygunsuz davranış iddialarını sert bir dille yalanladı. Aile, "Profesör Hawking, 20. yüzyıl fiziğine en büyük katkılardan bazılarını yaparken, aynı zamanda solunum cihazına, ses sentezleyiciye, tekerlekli sandalyeye ve sürekli tıbbi bakıma bağımlı hale getiren motor nöron hastalığından en uzun süre hayatta kalan bilinen kişiydi. Onun tarafından uygunsuz davranışlara dair her türlü ima yanlıştır ve tamamen zorlamadır" açıklamasını yaptı. Söz konusu fotoğraftaki iki kadının, Hawking'in uzun süreli bakıcıları olduğu belirtildi. Resmin, Profesör Hawking'in kuantum kozmolojisi üzerine bir konuşma yaptığı 2006 yılında Amerikan Virjin Adaları'ndaki Ritz Carlton Oteli'nde çekildiği ortaya çıktı. Hawking, 2006'da Epstein'in Little St James Adası ve yakınındaki St Thomas'ta ev sahipliği yaptığı bir konferansa katılan 21 seçkin bilim insanından biriydi. Zirve öncesinde Hawking, başka birçok misafirle birlikte bir barbeküde ve bir denizaltının içinden adanın deniz tabanının gösterildiği başka bir fotoğraf karesinde görüldü. İddiaya göre Epstein, motor nöron hastalığı nedeniyle tekerlekli sandalye kullanan Hawking'in bu yolculuğa katılması için denizaltı aracını özel olarak düzenlemişti. Hawking ve Epstein hiçbir fotoğrafta birlikte yer almadı. Cambridge Üniversitesi profesörünün adı, ABD Adalet Bakanlığı tarafından Jeffrey Epstein soruşturması kapsamında yayımlanan milyonlarca e-posta ve belgede en az 250 kez geçiyor. Profesör Hawking hiçbir zaman herhangi bir suçla itham edilmedi. Epstein'in 2015 yılında çalışma arkadaşı Ghislaine Maxwell'e gönderdiği kötü kaleme alınmış bir e-postada, finansör, Virginia Giuffre'nin, Hawking'in Virjin Adaları'nda "küçük yaştakılarla bir orgiye katıldığı" yönündeki iddialarını çürütmeye yardımcı olacak herhangi bir arkadaşına veya aile üyesine nakdi ödül teklif etti. Epstein e-postasında, "Virginia'nın arkadaşlarından, tanıdıklarından veya aile üyelerinden, iddialarının yanlış olduğunu kanıtlamaya yardımcı olacak herkese bir ödül teklif edebilirsin. En güçlüsü Clinton ile akşam yemeği hakkındaki ve Virjin Adaları'nda Stephen Hawking'in küçük yaştakılarla bir orgiye katıldığına dair yeni versiyon" ifadelerini kullandı. Giuffre, geçen yılki ölümünden önce Profesör Hawking'e karşı bu tür iddiaları hiçbir zaman kamuoyu önünde dile getirmedi ve Epstein'ın e-postası, bu tür bir iddianın kaydedilmiş tek zikri oldu. Bu arada, ABD Adalet Bakanlığı tarafından açıklanan ve FBI yetkililerinin 2019'da aldığı doğrulanmamış bir ihbarda, Epstein ve Hawking'in 2011'de birlikte "sadece erkeklerin alındığı bir kulübe" katıldığı kaydedildi.